实验室检查
不同程度的贫血可见于70%的病例。活动性病变时，末梢血白细胞可增高。约半数病例血沉增快，大便潜血阳性，血清免疫球蛋白增高，清蛋白降低。
影像学检查
1.X线检查 口服钡剂小肠造影可显示小肠壁深部慢性炎症表现，如狭窄、瘘管、深的纵行溃疡以及跳跃式或节段性分布，有时可见钡剂进入窦道与邻接的肠袢相通或进入瘘管深入到腹腔。用小肠气钡双重造影。早期病变的浅小黏膜溃疡可以显出。钡灌肠造影，尤其是气钡双重造影对诊断最有价值。应设法使钡剂通过回盲瓣进入小肠末端。从而发现肠壁的纵行溃疡、裂隙状溃疡，溃疡之间为正常黏膜，但由于正常黏膜的黏膜下层炎症、水肿及纤维化，使正常黏膜隆起，在X线下形成卵石征。回肠末端与盲肠内侧可发现小瘘管。后期由于肠腔狭窄，X线下失去正常形态，肠管呈管状。狭窄区长短不一，1～2cm至10余厘米不等，单发或多发，呈节段性分布。
Crohn病需与回盲部结核相鉴别。肠结核常伴有回盲瓣病变，因结核病变使回盲瓣变形、开放，造影剂自由通过，而Crohn病使回盲部形成狭窄，可助鉴别。
2.内镜检查 上消化道内镜可观察到食管、胃和十二指肠的病变，表现为多发性的口疮样溃疡或纵行的溃疡。后期黏膜呈颗粒状，胃窦和十二指肠形成狭窄，可结合活检进行诊断。但有时远侧有病变，上消化道也可伴有一般的口疮样溃疡，而不是Crohn病改变。需靠活检来鉴别。儿童较成人Crohn病变在上消化道更为多见。
结肠镜对结肠和末端回肠的Crohn病变有重要的诊断价值，内镜可看到黏膜的病变并可确定病变的范围，可取活组织进行检查，但瘘管则易被遗漏。镜下可见散在的、大小不一的口疮样溃疡，周围发红。溃疡之间黏膜正常。随着病变的进展，口疮样溃疡融合为纵行溃疡。溃疡之间由于黏膜下层炎症、水肿及纤维组织增生可呈现铺路卵石样改变。也可形成炎性息肉。肠腔狭窄较常见。病变呈节段性分布，病变肠段之间的黏膜正常。活检病理如能发现肉芽肿，中心无干酪坏死，则对诊断极有帮助。但活检中能找到肉芽肿者不到50%，有人报道只有l0%。
3.X线计算机体层摄影(CT)及B型超声检查 有辅助诊断作用，能显示肠系膜炎症或脓肿形成。CT优于B型超声。
4.磁共振成像(MRI) 能显示组织不同层次的平面图和准确的解剖位置。据报道，可显示上、下肛提肌间隔，能将肛周瘘管轮廓显示清楚。临床使用价值尚待观察。
