引起肺炎的病原很复杂，包括细菌、病毒、支原体等多种。但由肺炎球菌引起的肺炎最为多见，达83%，居首位。在世界范围内，有5-10%的健康成人和20-40%的健康儿童是肺炎球菌的携带者。肺炎球菌一般寄居在正常人的鼻咽部，一般不会发病，当人体免疫力下降时，如感冒、劳累、慢性支气管炎，慢性心脏病、长期吸烟等，肺炎球菌即可乘机侵入人体，引起肺炎、中耳炎、鼻窦炎、脑膜炎、心内膜炎、败血症等。又由于近年来抗生素的广泛应用，使肺炎球菌对多种药物产生了耐药性，这又为治疗带来了困难。
(一)细菌性肺炎
1、需氧革兰染色阳性球菌，如肺炎链球菌(即肺炎球菌)、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌等。
2、需氧革兰染色阴性菌，如肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、埃希大肠杆菌、绿脓杆菌等。
3、厌氧杆菌如棒状杆菌、梭形杆菌等。
(二)病毒性肺炎 如腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、 麻疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。
(三)支原体肺炎 由肺炎支气体引起。
(四)真菌性肺炎 如白色念珠菌、曲菌、放线菌等。
(五)其他病原体所致肺炎 如立克次体(如Q热立克次体)、衣原体(如鹦鹉热衣原体)、弓形体(如鼠弓形体)、原虫(如卡氐肺孢子虫)、寄生虫(如肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫)等。机体免疫力低下者(如艾滋病患者)容易伴发肺部卡氏肺包子虫、军团菌、鸟形分支杆菌、结核菌、弓形体等感染。
