食物变态反应的诊断，首先根据详细的病史、皮肤试验或RAST的结果判定。如果疑为IgE介导，应排除有关食物必要时做盲攻击，但病史中有过严重过敏反应者或诊断明确者不做。疑为非IgE介导的食物所致胃肠道疾病，其诊断在攻击前和攻击后需做活检，无条件时应做食物的排除和攻击试验。根据病史和(或)皮肤试验疑为IgE介导的疾病或食物诱发的小肠结肠炎，应排除可疑食物1～2周。其他胃肠变态反应疾病排除可疑食物可长达12周。如果症状未改善，则不大可能是食物变态反应不能仅根据皮肤试验或RAST做出Ⅰ型食物变态反应的诊断。许多患者据此被误诊为某种食物所致的食物变态反应，而避免了他们不该禁食的食物因此病史和食物的盲攻击对病因的诊断很重要。临床还注意到，IgE型和非IgE型可同时存在或相互转化，以及患者随时可能对新的食物变应原过敏
食物过敏引起的症状具有多样性和非特异性，应与非变态反应所引起的消化道和全身性疾病鉴别，如各种原因引起的消化不良、胆石症、炎症性肠病、乳糜泻等。 进食某些食物后引起的不良反应，不能都认为是食物过敏。现引用1984年美国过敏和免疫学会提出的关于食物异常反应的概念如下。
1.食物异常反应(abnormalreactionoffood)食物异常反应是一个总的概念，适用于由摄入的食物和(或)食物添加剂引起的所有异常反应包括人体对食物成分或添加剂引起的免疫反应(IgE介导和非IgE介导的免疫反应)及非免疫性副反应如食物不耐受，中毒性代谢性、药理性和特异体质的反应以及精神心理因素所引起的异常反应等。
2.食物不耐受(foodintolerance)食物不耐受是指食物和(或)添加剂引起的异常生理反应是由食物或添加剂引起的非免疫反应(如中毒性、药理性、代谢性感染性反应及其他非免疫因素所致的异常反应)，它与食物异常反应的主要区别是不涉及免疫反应，但可由非免疫因素引起的肥大细胞释放炎症介质参与
3.食物中毒(foodtoxicity/poisoning)食物中毒是由于进食被毒物污染或本身具有毒性的食物和(或)食物添加剂，在效应部位积累到一定量而产生的全身性疾病，可分为细菌性和非细菌性食物中毒两大类。毒物可来自污染的微生物与食物本身(如河豚、生鱼胆等)，也可源于其他化学物质(如砷汞、有机磷农药等)。此异常反应一般无免疫因素参与。
4.药理样食物反应(pharmacologicfoodreaction)药理样食物反应指食物及其衍生物和(或)食物添加剂中含有内源性药理作用样物质(如咖啡因、组胺等)，摄入机体达到一定量后，产生的某种药物所具有的药理作用及表现。
5.假性食物过敏(foodpseudo-allergy)假性食物过敏多指由于精神及心理因素引起的食物异常反应其临床表现类似食物过敏，但不涉及免疫机制介导的化学介质的释放。
6.食物过敏(foodallergy/hypersensitivity)食物过敏是指部分人群由食物或食物添加剂引起的免疫反应。进食少量有关食物即可诱发，与食物和(或)食物添加剂的生理作用无关，涉及免疫机制引起的化学介质的释放。 食物中毒、药理样副作用和食物不耐受等一般不涉及机体的免疫反应，与食物的过敏反应不同，临床上应注意区分，尤其应避免将食物过敏反应误诊为食物的毒副作用或食物不耐受。
一般预后良好，多随年龄增长而逐渐缓解。但处理不当、病情迁徙发展，常致营养不良、生长障碍。 有患特应性疾病高度危险的小儿(指父母一方或双方患特应性疾病)，特别是生后最初3～6个月鼓励人乳喂养。还应记住许多食物变态反应的婴儿后来发生了其他特应性疾病。因此遇有变态反应家族史的婴儿，医师要将这种可能性告诉父母，劝告他们不要吸烟，不要在室内养动物保持室内环境清洁卫生。
