一、发病原因
HGV病毒在宿主细胞体内经过复制而繁殖。
HGV是单股正链RNA病毒，基因全长9.4kb左右，拥有一个大的连续，循环中的HGV可能由宿主的脂蛋白覆盖，表面有糖分子，所以观察到的病毒密度较低。
体内外实验表明，HGV为嗜肝性病毒，在肝细胞内复制，所以肝组织和细胞中能检测到病毒的基因组RNA和负链RNA，是病毒复制位点;在血清和淋巴细胞中只检测到基因组RNA，未检测到负链RNA，所以认为并无复制中间体，而HCV是能在淋巴细胞中复制的。HGV感染方式与HCV一致，但其感染力较HCV为低。
二、发病机制
关于HGV的致病性问题，目前尚有争议。一些学者认为它并不致病，某些HGV标志阳性者有肝炎表现，可能是由另一种与HGV伴随存在的未知肝炎病毒所致，其理由如下：
1.HGV基因组无核心区，提示是一种有缺陷的病毒;
2. 两只黑猩猩感染HGV后，曾追踪观察6年零3个月，其血清HGV持续阳性，说明发生HGV的持续性感染，但一直未出现肝炎，血清丙氨酸转氨酶正常，肝组织学也未见炎症改变;
3.多数HGV携带者的血清丙氨酸转氨酶正常;
4. 乙肝和丙肝病人合并感染HGV后，病情并不加重，其血清丙氨酸转氨酶水平与单独感染乙肝或丙肝病毒者无显著差异。但一些学者则认为庚肝病毒感染可引起急性和慢性肝炎，还可能与急性重型肝炎有关。
