自闭症的并发症包括但不限于以下几种情况：
1、癫痫：30%～40%的自闭症患者伴有癫痫，最常见于5岁以下儿童，主要因小儿神经系统发育不健全、大脑皮质受到刺激产生过度异常放电所致。癫痫发作时，可见患儿不省人事、两眼紧闭或半睁、眼球上翻、牙关紧闭、口角抽动、头向后仰、四肢反复屈伸、口唇青紫，持续十几秒钟到数分钟。
2、睡眠障碍：自闭症儿童的睡眠障碍发病率为40%～86%，均远高于正常儿童的29%～32%，而且多数患儿在8岁之前就存在睡眠障碍。睡眠障碍时，可见患儿入睡时间超过半个小时，夜间觉醒次数超过2次或凌晨早醒，多噩梦，总睡眠时间少于6小时，次晨感到头晕、精神不振、嗜睡乏力和烦躁等。
3、智力障碍：20%～30%的自闭症儿童合并有智力障碍，智商明显低于同年龄段儿童，从而造成学习困难，理解、抽象概括能力低下，分析综合能力欠缺，思维简单等。
4、抽动秽语综合征：20%左右的自闭症儿童合并有抽动秽语综合征，尤其在中度至重度智力障碍儿童中更为常见。该病特征是患儿频繁挤眼、皱眉、皱鼻子、噘嘴等；继之耸肩、摇头、扭颈、喉中不自主发出异常声音，似清嗓子或干咳声。少数患儿有控制不住的骂人说脏话行为。
5、焦虑症：80%以上的自闭症儿童合并有焦虑症，尤其年龄越大的患儿越明显，这可能和患儿年龄越大，更能感受到上学、社交等方面带来的压力有关。
6、其他：自闭症并不是单纯的精神性疾病，还常可伴有阿斯伯格综合征、精神分裂症、强迫症、多动症、脑瘫、巨头症、肥胖、全身多器官失调等疾病。
