一、发病原因
衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
衣原体 1957年开始把衣原体归于细菌类，这一主张已获得越来越多的微生物学家的支持。不能在人工培养基上生长，只能在寄主细胞内生长，能通过细胞滤器的微生物。因而长期以来被认为是病毒。但它又有细胞壁结构，借二分裂繁殖，含DNA和RNA二种核酸，胞浆内有核糖体，对磺胺和多种抗生素敏感，这些特性又类似细菌。按伯杰氏新的分类，衣原体属立克次氏体纲衣原体科。衣原体属Ⅰ为沙眼衣原体组衣原体，这组衣原体在寄主细胞浆内形成致密型包涵体，其中含有丰富的糖原，碘染色阳性。对磺胺药和环丝氨酸类药物高度敏感。衣原体属Ⅱ为鹦鹉热衣原体组衣原体，这组衣原体在寄主细胞浆内的包涵体呈疏松型，不含糖原，碘染色阴性，对磺胺药不敏感，对环丝氨酸类药物低度敏感。
衣原体感染的传染源是患者及携带者，传播途径主要通过性生活和接触感染者的眼分泌物，新生儿的感染大多来源于分娩时所经产道，其母生殖道衣原体检测往往阳性。
二、发病机制
感染性：衣原体(原始小体)侵入人体后，首先附着宿主上皮细胞表面的外膜受体，通过细胞的吞饮作用进入细胞，进入细胞后原始小体体积增大成网状小体，依靠宿主细胞的营养物质，以二分裂的方式进行增殖成新的原始小体，并形成含有众多原始小体的包涵体(inclusion)，最终包涵体膜胀破，释出原始小体再扩散感染邻近的上皮细胞。
破坏宿主：衣原体寄生于宿主细胞可直接抑制宿主细胞的代谢，溶解寄生细胞，释放溶酶及各种代谢产物，激发机体的免疫反应造成损伤。由于机体对衣原体的特异性免疫力弱，持续时间短，故衣原体易发生反复持续感染。
